Giovanni Togni si è diplomato in clavicembalo, pianoforte e direzione di coro con il massimo dei voti in tutte e tre le discipline, compiendo parallelamente studi in composizione e organo. Ha iniziato la conoscenza dei pianoforti storici frequentando l’insegnamento di Laura Alvini.
Vincitore di concorsi italiani (Bologna 1993) ed europei (selezione ECBO, Parigi 1991) ha svolto attività di continuista (al cembalo e all’organo) con vari gruppi: Ensemble Concerto, Il Complesso Barocco, Accademia Bizantina, Ensemble Aurora, l’Orchestra Barocca della Comunità Europea (ECBO), l’Orchestra RAI di Roma, l’Orchestra Mozart sotto la direzione di Claudio Abbado, e ha collaborato con Enti Lirici come il Teatro Massimo di Palermo e il Teatro dell’Opéra di Monte-Carlo.
Ha suonato in prestigiosi festivals italiani ed europei di musica antica e di musica da camera sia come solista sia in varie formazioni al clavicembalo e al fortepiano.
Ha effettuato registrazioni per varie case discografiche tra cui Glossa, Brilliant, “Amadeus”, Deutsche Harmonia Mundi, EMI-Virgin, Deutsche Grammophone (Archiv Produktion), nonché per la RAI e per varie emittenti europee.
E’ stato docente, relatore e membro di giuria presso numerose istituzioni italiane ed europee tra cui la fondazione G. Cini di Venezia e i Corsi Internazionali di musica antica di Urbino. E’ stato docente di Clavicembalo e Tastiere storiche presso i Conservatori di Cagliari e  di Como. Attualmente è docente per le medesime discipline presso il Conservatorio “G. Verdi” di Milano.