Nato a Milano nel 1959. Dopo gli studi di Organo, di Clavicembalo e di Composizione, si dedica all'arte del basso continuo e dell'improvvisazione. Un’intensa attività concertistica lo ha portato a collaborare fin da giovanissimo con alcuni fra i migliori musicisti europei e ad incidere circa ottanta dischi, molti dei quali premiati dalla critica internazionale (Diapason d'Or, 10Repertoire,5Goldberg, Choc de la Musique) per le più importanti etichette: ECM, Opus 111, Arcana, Glossa, Astrèe, Alia Vox, Cypres, Naive, Alpha.
Nel 1984 fonda con il tenore Marco Beasley ACCORDONE, ensemble con cui sperimenta un nuovo approccio all'interpretazione del repertorio barocco e in particolare della musica italiana del XVII secolo. Dal 1985 al 2005 è tastierista dell'ensemble Aurora diretto da Enrico Gatti, con cui continua a collaborare come solista. Dal 1991 al 1995 è il tastierista degli ensembles di Jordi Savall.
Con Accordone, Guido Morini è presente nei cartelloni dei maggiori festival e delle più prestigiose sale da concerto, curando tutte le revisioni e le elaborazioni musicali del gruppo.
Musicista eclettico, si è dedicato anche alla composizione di brani strumentali, cantate “in stile” e opere integrali:

“Una Odissea” (2002) è un'opera in un atto per soli, coro e orchestra su libretto di Marco Beasley; “Vivifice Spiritus Vitae Vis” (2005), è una composizione sacra per soli, coro e organo. Nel gennaio 2009 la sua opera “Una Iliade”- che vede coinvolti Accordone, Netherland Blazers Ensemble e Hilliard Ensemble - è stata eseguita in prima mondiale al Muziekgebouw di Amsterdam. Nel Maggio 2009 al Festival di Salisburgo è stato eseguito in prima assoluta il suo lavoro “Solve et Coagula” incentrato sulla figura di Raimondo di Sangro Principe di San Severo, filosofo, scienziato, inventore e alchimista vissuto a Napoli nel XVIII secolo. Nel 2012 la sua nuova creazione sacra “Passio” per tenore, coro e organo, è stata eseguita in prima assoluta in Austria.